applications/core/interface/ckeditor/ckeditor/config.js
В конец перед закрывающей скобкой "}" добавляй через запятую нужные конфиги:
a.colorButton_colors="aaa,bbb,ccc,ddd,eee,fff,abcdef", //свой список цветов;
a.colorButton_enableAutomatic=false, //скрыть кнопку "Автоматически";
a.colorButton_enableMore=false //скрыть кнопку "Ещё цвета...";