Нету прямой функции подсчета как у контента ожидающего одобрения. Можно попробовать так:
{{$deletedTopics = \IPS\forums\Topic::getItemsWithPermission( array( 'approved=?', -2 ), NULL, NULL, 'read', TRUE ); $deletedTopics = $deletedTopics ? \count( $deletedTopics ) : 0;}}
{{if $deletedTopics}}
{$deletedTopics}
{{endif}}
Переменная $deletedTopics отобразит количество удаленных тем если они есть.
Конструкцию if и переменную сам подставишь куда нужно.