У меня тоже возникла такая проблема: при использовании указанного мода точка в index.html исчезает. Решил следующим образом.
В файле root/admin/sources/base/core.php в функции makeSeoTransliterate
найти строчку
$text = preg_replace('#[^a-z0-9-]#', '', $text);
заменить на
$text = preg_replace('#[^a-z0-9-.]#', '', $text);
Может что-то сделал неверное? Нигде глюков не вылезет?
А вообще, честно сказать, не понимаю, почему у Content такие кривые урлы и зачем этот index.html вообще нужен - больше нигде он не используется, только тут.