Здравствуйте, сегодня я бы хотел обновится до последней версии iPS, но вот вопрос, как мне это сделать без потери данных? Какие файлы надо заменить?

Просто скидываете все файлы из архива 4.1.9 с соглашением на замену.

И запускаете обновление /admin/upgrade

Не забывайте перед обновлениями всегда делать Backup БД, и файлы! 

Благодарю всех за ответы. Помогли!