Увидел в настройках платежей-выплаты, возможность делать выплаты пользователям. Однако там предусматривается только 2 варинта - ручной способ и PayPal . Других способов нету.

Можно ли добавить иные методы выплаты и каким образом? В том числе что-то из того чем у нас пользуются в стране.

Все способы оплаты могут быть использованы для вывода средств. Ищите на оф сайте или в паблике платежные плагины. Яндекс точно есть.

Попробую ещё, по вот яндекс и фри касса не работают, точнее нельзя на вывод поставить тих, всё равно отображаются только эти 2.

И скорее всего без конкретного изменения кода или спец плагинов этого нет

Мда, в автоматическом режиме и правда нет.