Здравствуйте. Как правильно осуществлять перенос доработок на продуктивную среду в IPS? Пробовала делать архивы в дев режиме (на тестовой площадке) и устанавливать из средствами IPS 
прописывая хуки в таблице core_hooks, однако это ни к чему не привело. 

В дев режиме вы должны создавать новое приложение или плагин, которые будут перегружать функции стандартных приложений. Вы не можете менять код приложений напрямую. После чего скачивание плагин/приложение и устанавливаете на продакшн.