Разобрался с обновлением, тему можно закрывать.
Видимо какой-то из необходимых файлов для апгрейда либо отсутствовал, либо был поврежден, точно не знаю. Сделал следующее:
Полный бэкап сайта (на всякий случай), базы и datastorage
Установка чистой версии 4.1.18 (та, что была у меня)
Восстановление базы и datastorage
Установка 4.2.5
Не знаю, может у кого возникнет похожая проблема и данные манипуляции будут полезны. Спасибо всем, кто уделил мне время.