у меня похожая проблема и после обновления на 4.0.7 наблюдалась и на 4.0.6.1,
перед обновлением:
отключал все хуки, приложения
удалил кастомный стиль, и перехешил все стили
перехешил все кеши.
после накатил 4.0 и запустил конвертер, там есть закладка tools и запустил конвертирование collations, с этим шагом и без разницы не оказалось.
ну и после апргрейда темы нет. просто текст вместо css стиля. никаких функций кеширования в админке 4 IPS не нашел, только запуск фоновых процессов разве что.