Вирустотал специализируется на исполняемых файлах .exe, либо на .dll
PHP-скрипты по большей части он не в состоянии обработать (найти в них вирус). Ведь вирусный код может являться любой фантазией разработчика, как какая-нибудь неприметная функция. Для поиска сайтовых вирусов есть специальные скрипты, такие как Айболит.