Предлагаю воспользоваться данным скриптом. Инструкции и скрипт внутри вложения.
Он удалит все .htaccess в папках и подпапках. Далее предлагаю, как я и писал выше, сменить пароли от базы данных, после смены, соответственно, прописать их для форума можно в файле, который находится в корне сайта в файле cong_global.php на 6й строке переменная $INFO['sql_pass']. Сменить пароли админу форума, от фтп. В общем все ключевые пароли, которые могут повлиять на доступ к форумусайту.
Дальше проверить папки на наличие "левых" файлов. Для этого почитайте статью вот тут ну и в целом на тему вирусов wso, eval, base_64.
Надеюсь, что всё это поможет. У меня пока слава Богу ничего не появилось вредного, после удаления "зараженного злыдня"-файла в папке applications.
Если кто-то ещё осведомлён, как решить данную проблему или же имеет замечания по моим рекомендациям пожалуйста отписывайтесь, тема очень хорошая и требует проработки!