Вопрос предполагает более глубокое погружение в тему. Не всегда на это есть время.
На вскидку приходит решение. В приведенном выше коде нет строки получения самих данных $articles. Именно с этим стоит работать.
1) Сначала получить нужные тебе данные, например, только 2 закрепленных статьи, вывести их как тебе необходимо. Затем, еще раз получить $articles, но уже все остальные и в том количестве, что тебе необходимо. Также вывести их в шаблоне.
2) Либо получить только нужное количество статьей, изменить скрипт шаблона, чтобы первые две статьи выводились с крупными изображениями по две на строке, затем все остальные по три на строке.