эта ошибка как правило возникает когда ограницено время сессии php и время подключения к мускулу
прогоните для начала вот этим скриптом, потом попробуйте еще раз конвертером в установщике
скрипт:
<?
$dbhost = #sql_host
$dbuser = #sql_user
$dbpass = #sql_pass
$dbname = #sql_database
header('Content-type: text/plain');
$dbconn = mysql_connect($dbhost, $dbuser, $dbpass) or die( mysql_error() );
$db = mysql_select_db($dbname) or die( mysql_error() );
$sql = "ALTER DATABASE `".$dbname."` DEFAULT CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_unicode_ci";
$result = mysql_query($sql) or die( mysql_error() );
print "Database changed to UTF-8.\n";
$sql = 'SHOW TABLES';
$result = mysql_query($sql) or die( mysql_error() );
while ( $row = mysql_fetch_row($result) )
{
$table = mysql_real_escape_string($row[0]);
$sql = "ALTER TABLE $table DEFAULT CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci,
CONVERT TO CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci";
mysql_query($sql) or die( mysql_error() );
print "$table changed to UTF-8.\n";
}
mysql_close($dbconn);
?>
если БД очень большая
рекомендую конвертировать БД этой прогой на компе