во-первых, вот тут написано, где именно в файле лежит копирайт.
во-вторых, js хранится в базе ещё, если просто удалить файлы, ничего не изменится.
либо чистить бд, либо изменять в xml темы и устанавливать заново.
и в-третьих, файлы удалять не надо, естественно, в них не только копирайты.
а как раскодировать и закодировать js, можно найти в гугле.