Меня бесило это сообщение, написал хостеру, он сказал что перевести на innoDB сложно.
Потом залез в базу, оказалось, что вся база уже в InnoDB (видимо тип как-то при обновлении поменялся сам), но не смог поменять автоматически на устаревших приложениях. Их оказалось несколько строк. Поэтому ручками.
Заходим в базу, сортируем по типу, выбираем таблицу
нажимаем Операции и меняем тип
ну я это сделал поскольку у меня 99% таблиц уже были этого типа. Конечно же я бы не стал рисковать, если бы было иначе. Сначала вопросы хостеру...