Оно и сейчас в принципе всё отдельно, просто метод распространения официальных приложений немного изменился и упростился. Ты с сайта IPS скачиваешь архив, в котором уже находятся все приложения, на которые у тебя есть лицензия. Т.е. осталось всё просто на сервер залить и установить. Ничего собирать по частям не нужно. Естественно, это работает только для официальных приложений.