В конфигурации прописано два пути \uploads и /uploads, в чем разница? И в настройках путей, половина прописано как /, половина как \. В старых версия был только один путь, а теперь куча для всего. И если один на другой поменять, начинают стираться файлы, можно ли остановить перемещение и как посмотреть закончилось ли оно?

Цитата

В конфигурации прописано два пути \uploads и /uploads, в чем разница?

Первое для сервера на локале (например, на Windows), второе для сервера на удаленном сервере (под Линукс, например). Правильно чаще всего второе.