Проблема в том, что memory_limit - это максимальное кол-во памяти, которое выдаётся скрипту. Когда вы грузите файл на сервер - он загружается в память, а потом только сохраняется на диск. Потому может сработать эта директива и пользователь увидит ошибку.
Следовательно, это не баг, а наоборот багфикс возможных ошибок.