ТС: руками замучаетесь каждый день делать бэкап. Особенно если база несколько гигов и файлов на три десятка гигов. Есть скрипты инкрементального бэкапа по linux. Юзайте их, решений полно.
Я лично юзаю старенький fsbackup, Настраивается легко, делает бэкап и БД и файлов с загрузкой на удаленный FTP. На другом серваке скрипт от Selectel юзаю, он в их облачное хранилище закачивает данные. supload кажется. Погуглите решений не млао