Видимо до многих туго доходит , пока думали, нашёл решение, которое поможет многим:
Открываем файл .htaccess, который находится в корне сайта (это там, где лежит основной index.php)
В САМЫЙ КОНЕЦ ДОБАВЛЯЕМ:
### Редиректы с index.php или index.html на сайт
RewriteCond %{THE_REQUEST} ^[A-Z]{3,9}\ /index\.(php|html)\ HTTP/
RewriteRule .* / [R=301,L]
Теперь не будет возникать самого распространённого дубля главной страницы, а так же дублей категорий и других разделов.