@Seirei, чуть подробнее опишите ,шаг за шагом,кАк обновляли.
Подозреваю что вы решили одним махом обновиться до 4.* ,поэтому,скорее всего,ошибка и вылетает.
Как бы я бновлялся?
Сначала обновился бы до последней,переходящей, 3.* версии,затем уже перескочил на первую 4.*, ну а далее уже обычным способом до актуальной. И не забывайте,кстати,обновлять и версию рнр на актуальную для версий IPSа.