У меня на чистой установке вот эти InnoDB: `core_log`, `core_api_logs`, `cms_media_folders`, `core_api_keys`, `cms_media`, `core_menu`, `core_search_index_tags`, `core_image_proxy`, `core_search_index_item_map`, `core_view_updates`, `cms_database_fields_reciprocal_map`, `core_cache`, `core_geoip_cache`, `core_streams`
остальные MyISAM