если всё работает - не трогай © старая админская мудрость
сам недавно заморочился по поводу актуального релиза Мускула на убунту 14.04, вот 2 статьи с хабра, который весьма неплохо раскрывают все "прелести" перехода и обновления, плюс в комментариях есть много полезной инфы
__habrahabr.ru/post/168441/
__habrahabr.ru/post/179481/мораль - если нет острой необходимости (отсутствие функционала, дыры безопасности, отсутствие оптимизации или скорости работы) то менять не стоит.
а проблемы всегда были есть и будут, т.к. на одном хостинге IPB может работать идеально, а на другом вылетать при установке с ошибкой базы (xocтингер ), даже если в обоих случаях всё правильно выставлено в настройках.
лично я с проблемами на 5.6 (конфиг дефолт) не столкнулся, но и фееричного прироста в over 100-200% в производительности я без тестов и нагрузки на сервер не заметил, зато память жрёт как надо.