Где то читал, что tar сохраняет  все пути и символические ссылки даже

1 час назад, AHristich сказал:

Единственное только task.php  просит 777 при создании крона

Это тоже неправильно, на этот файл нужны только права на чтение пользователем php. Это даже не исполняемый файл. 

2 часа назад, Zero108 сказал:

Так уж написан движок.

В этом и проблема. 

1 час назад, Zero108 сказал:

Tar также жмёт сильнее вроде бы.

Tar вообще не жмет, а если его заставить это сделать, то жмет zlib-ом, обычное сжатие, никаких "сильнее" там нет. 

Так и есть, tar собирает, а gzip/bzip сжимает.

рука не поднимается дать права 777 на папки

applications
plugins

внутри лежать php файлы, это же "дыра", а какие у Вас права на эти папки? 

755 корректные права на папки.