Найдите в application/core/admin/settings/webapp.php строку
$form->add( new \IPS\Helpers\Form\YesNo( 'configure_manifest', \count( $manifestDetails ) > 0, FALSE, array(
и замените ее на
$form->add( new \IPS\Helpers\Form\YesNo( 'configure_manifest', ( isset($manifestDetails) && \count( $manifestDetails ) > 0 ), FALSE, array(
Возможно поможет.