Когда у меня пару лет назад появилась аналогичная задача (папка uploads стала весить более 60 Gb), оптимизацию пришлось проводить в полу ручном режиме.
Ушел на это почти день, но зато размер папки сократился на 70-80%.
Делал примерно так:
- скачал всю папка на локальный комп
- разобрал все файлы по подпапкам в зависимости от расширения (jpg, jpeg, JPG и т.д.)
- с помощью Faststone photo resizer ужал качество и разрешение для файлов в подпапках
- вернул правильные расширения файлам по подпапкам (для Faststone и Windows строчные и заглавные буквы это одно и тоже, а для сервера под Linux это разные вещи, переименовывал через командную строку используя "rename")
- сложил все файлы из подпапок в месячный каталоги (которые использует форум)
- залил все обратно на сервер rename
P.S. для пункта: разобрал все файлы по подпапкам в зависимости от расширения (jpg, jpeg, JPG и т.д.) использовал Total Commander