Попробуйте так, создайте файл rebuild.php в корне сайта с таким содержимым:
<?php
require_once 'init.php';
\IPS\Task::queue( 'core', 'RebuildPosts', array( 'class' => 'IPS\forums\Topic' ), 2 );
\IPS\Task::queue( 'core', 'RebuildPosts', array( 'class' => 'IPS\forums\Topic\Post' ), 2 );
\IPS\Task::queue( 'core', 'RebuildPosts', array( 'class' => 'IPS\forums\Topic\ArchivedPost' ), 2 );
\IPS\Task::queue( 'core', 'RebuildNonContentPosts', array( 'extension' => 'forums_Forums' ), 2 );
?>
Перейдите по ссылку сайт.ru/rebuild.php. После этого в Админцентре появятся фоновые задачи на перестроение сообщений и тем.