Если кто-то столкнется с подобной проблемой в будущем, подсказка: даже установка полных прав (777) на папку с приложением не поможет, если владелец папки отличается от юзера, под которым работает сервер. Т.е. если вы заливали эту папку вручную через специального юзера (например, yourname), а сервер работает под юзером www-data, то обновление будет вываливаться с ошибкой прав. Выход: поменять владельца папки:
sudo chown -R www-data:www-data applications/yourapp/