Файлы заливаются в виде одного архива, а потом на сервере распаковываются с указанием правильного пользователя директорий и файлов, а также прав CHMOD на отдельные папки (/uploads, /plugins и т.д.). Пользователя нужно указывать, если заливаете на сервер архив с дистрибутивом не от того пользователя, на котором работает сайт. Например, сайт работает под пользователем user1, а зиливаете архив с дистрибутивом от имети пользователя root. Права CHMOD проверяются самим установщиком сайта, он подскажет, если что не так. Файл .htaccess в дистрибутиве отсутствует, создается потом руками или скачивается в админцентре в разделе Search Engine Optimization. Если он во время копирования уже у вас был, значит он создавался вами на другом сервере. Его нужно удалить перед переносом, если вы переносите уже установленную версию, так как он может не подходить под другое серверное окружение.