фтп серв может криво работать и сбрасывать соединения при загрузке большого объема файлов.
из ~10 тысяч файлв, штук 10 не загрузится, а вы и не заметите, только потом ошибки будете ловить.
загружать файлы в архиве надежнее и намного быстрее
Все плагины, которые разработали не вы, будут выдавать такую ошибку, так как при установке плагина, он не создает папку dev, необходимую для работы в режиме разработчика.