Я делал через выгрузку полей базы с формированием путей к файлам, потом делал скан директорий в uploads и писал пути в другой файл. Ну а потом чтение файла директорий, чтение файла базы, создание массива с ключом по имени файла и формирование отчета типа "ок", "нет в базе", "нет на диске".