Файлы нужно переносить одним архивом, а не по одному. Когда распаковываешь архив, то он или нормальный, или битый. Тогда сразу понятно, что был сбой при передаче. А по одному файлу сайт переносить сложно, часто обрывается соединение, файл может быть битым, хотя внешне выглядит, что он есть. И т.д.