В конфиге nginx.conf для домена проверить нужно, что есть ссылки на сертификат. В панели ISP Manager, например, все настройки сертификата для домена добавляются в этот файл автоматически после перевыпуска сертификата тут же, в панели. Что там за панель у вас, сложно сказать, как и то, что вы там переносите, а что не переносите.