Код, как сказали выше, надо разделять от представления - шаблона. Пишите свою логику в методах класса, там подсветка и проверка синтаксиса работает, а шаблоны используйте только для оформления. Что мешает написать в том же методе hookData логику работы а потом скомпилировать шаблон на основе этих данных? Зачем городить костыли с инклудом левого файла, а потом еще придумывать как этот файл записать на диске при установке.
Возьмите пару тройку плагинов которые используют нужный вам принцип и посмотрите какм там это реализовано, не нужно изобретать свои велосипеды, особенно когда знания языка не особо это позволяет.
Php в шаблоне по большему счету делать нечего. В шаблонизаторе используются только простые выражения, там подсветка не нужна, вся логика отдельно.